Native mass spectrometry and ultraviolet photodissociation reveal conformation-selectivity of zinc ion to α-synuclein

doi:10.3724/SP.J.1123.2025.04020

Abstract

Abstract:

The conformation-specific binding mechanism between zinc ions （Zn²⁺） and α-synuclein （α-Syn） plays a pivotal role in elucidating the molecular underpinnings of Parkinson’s disease. α-Syn is an intrinsically disordered protein （IDP）， known for its structural plasticity and dynamic conformational landscape， which are intimately linked to its aggregation propensity and pathogenic potential. In this study， we employed native mass spectrometry （nMS） coupled with 193 nm ultraviolet photodissociation （UVPD） to investigate the α-Syn-Zn²⁺ interaction across different conformational states. This integrated approach enables both preservation of non-covalent interactions and detailed structural interrogation， offering unparalleled insights into IDP behavior upon metal binding. We identified three distinct charge-state-dependent conformational populations of α-Syn （low-charge， intermediate-charge， and high-charge conformations）， each exhibiting markedly different Zn²⁺binding capacities and mechanisms. Experimental data revealed that the low-charge conformations exhibited the highest Zn²⁺binding affinity and capacity， accommodating up to three Zn²⁺ ions. In contrast， the intermediate-charge conformations bound predominantly to one Zn²⁺ ion. The high-charge conformations， despite their extended structures， retained the ability to bind up to two Zn²⁺ ions， but with lower affinity. Quantitative analysis of UVPD-derived fragmentation yield changes （ΔFYs） provided residue-level insights into structural perturbations upon Zn²⁺ coordination. The most pronounced ΔFYs were observed in the low-charge conformers， indicating substantial Zn²⁺-induced structural stabilization or reorganization， particularly in the C-terminal （Cterm）. Distribution patterns of Zn²⁺-bound protein fragments （holo fragments） generated by UVPD further supported distinct fragmentation patterns for each conformational state， reflecting differential Zn²⁺ distribution and protection across the α-Syn sequence. Integrating ΔFYs analysis with holo fragment mapping， we propose three distinct binding mechanisms：（i） low-charge states stabilize Zn²⁺ binding primarily through electrostatic interactions involving acidic residues in the Cterm；（ii） intermediate-charge states form coordination bonds likely involving histidine or side-chain donors； and （iii） high-charge states exhibit a hybrid mechanism combining electrostatic and coordination elements， though with reduced spatial proximity and structural integrity. Overall， this work highlights the conformation-dependent nature of metal ion interactions in IDPs and underscores the potential of nMS-UVPD as a powerful tool for probing dynamic structural ensembles. These findings provide critical mechanistic insights that could inform the design of conformation-selective therapeutic agents aimed at modulating metal-induced α-Syn aggregation in Parkinson’s disease.

Key words: α-synuclein （α-Syn）, zinc ion （Zn²⁺）, ultraviolet photodissociation （UVPD）

CLC Number:

O658

QIN Huiwen, XUAN Yue, ZHAO Heng, LIU Zheyi, DING Fu, WANG Fangjun. Native mass spectrometry and ultraviolet photodissociation reveal conformation-selectivity of zinc ion to α-synuclein[J]. Chinese Journal of Chromatography, 2026, 44(5): 525-532.

Figures/Tables 5

Fig. 1 Conformational distribution fitting of α-Syn （a） before and （b） after Zn2+ binding， and MS1 spectra of α-Syn （c） before and （d） after Zn2+ binding

Fig. 2 α-Syn binding to Zn2+：（a） binding intensity distribution of three representative charge states；（b） intensity distribution of all charge states binding one Zn2+

Fig. 3 Ultraviolet photodissociation （UVPD） fragmentation coverage maps of α-Syn in different conformations

Fig. 4 UVPD analysis of different conformations of α-Syn （7+， 10+， 13+） a-c. residue-level changes of fragment yields （ΔFYs） before and after Zn2+ binding； d-f. ratio distribution of Zn2+-bound （holo） and unbound （apo） fragment ions.

Table 1 Holo fragment counts of α-Syn binding to Zn2+

Conformation	Nterm holo	Cterm holo	Sum
Low-charge （7+）	6	31	37
Intermediate-charge （10+）	34	55	89
High-charge （13+）	40	13	53

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