中药作为复杂的物质体系，长期面临“物质基础不明确、作用机理不清晰”的挑战，制约其现代化与国际化发展。为解决这一问题，“本草物质组计划”于2007年提出，旨在通过多学科技术整合，系统解析中药的物质组成、结构及其生物学功能，阐明多成分-多靶点协同作用机制。本文综述了本草物质科学研究的关键方法与技术进展：在本草物质组成与结构解析方面，液相色谱-质谱联用技术结合二维色谱、智能数据挖掘策略，实现了中药复杂化学成分的高通量表征与新化合物发现；多维高效制备色谱技术及自主研制的多维多通道分离纯化装置，突破了中药化合物规模化、系统化制备的瓶颈；核磁共振技术结合人工智能（如HSQC智能识别、深度学习模型），显著提升了结构鉴定的效率与精度。在本草物质的生物效应研究方面，靶点导向与表型导向的药理学技术（如无标记细胞整合药理学技术、热蛋白质组分析技术、亲和质谱技术）助力中药活性成分的靶点发现与机制解析；中药数据库与计算模拟技术（如虚拟筛选、分子动力学、人工智能预测模型）支撑了“多组分-多靶点”复杂互作网络的构建与模拟；结构生物学技术（尤其是冷冻电镜）为中药活性成分与靶点蛋白的相互作用提供了原子水平的结构洞察，推动了构效关系与多靶点机制的阐释。综上，分离分析、生物效应评价与计算模拟等多种技术的协同发展，正推动本草物质科学研究从“经验依赖”向“数据驱动”的范式转变。新技术的不断涌现与融合将持续揭示中药的未知领域，系统阐明其多成分多靶点的协同作用机制，深度发掘新结构、新靶点及新生物学效应，为中药传承创新和现代新药研发提供源头创新动力。
